MDPI北京通州办公室成立于2008年，目前编辑出版化学，医学，生物学，环境科学，可持续发展，传感器，遥感，地球科学，机械工程，人文社科等多个学科领域的开放获取期刊。出版SCIE期刊32本，ESCI期刊85本，其中有较高国际影响力的学术期刊有Molecules，Cancers，Sustainability，Sensors，Remote Sensing，Electronics等。现有员工近900人，其中硕博600余人。

MDPI北京海淀办公室成立于2010年，目前编辑出版能源，材料，生物，医药，化学，电信，环境，数学，农林，应用科学等诸多学科领域的开放获取期刊。出版SCIE期刊29个，其中有较高国际影响力的学术期刊有Applied Sciences，JCM，Energies，Materials，Nutrients等。现有员工650余人，其中硕博590余人。