MDPI北京通州办公室成立于2008年，目前编辑出版化学、医学、生物学、环境科学、可持续发展、传感器、遥感、地球科学、机械工程、人文社科等多个学科领域的开放获取期刊。出版期刊200余本，其中SCIE/SSCI/AHCI期刊33本，ESCI期刊80余本，有较高国际影响力的学术期刊有Molecules、Cancers、Sustainability、Sensors、Remote Sensing、Electronics等。截至2025年底，有员工900余人。

MDPI北京海淀办公室成立于2010年，目前编辑出版能源、材料、生物、医药、化学、电信、环境、数学、农林等多个学科领域的开放获取期刊。出版期刊140余本，其中SCIE期刊29本、ESCI期刊57本。具有较高国际影响力的学术期刊有Applied Sciences、JCM、Energies、Materials、Nutrients等。截至2025年底，有员工700余人。