MDPI南京办公室成立于2021年4月，目前编辑出版生物，医药，材料，化学，机械，环境，遥感，数学等多个学科领域的开放获取期刊。其中有较高国际影响力的学术期刊有 Molecules, IJERPH, Cancers, Sustainability , Sensors, Remote Sensing , Water , Energies,  Applied Sciences, Materials, Nutrients, JCM, Electronics等。现有员工200余人，其中硕博180余人。

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