作为一种新兴的生物技术，单细胞测序得到了广泛的应用。然而，单细胞数据分析对于研究人员来说仍然具有挑战性。与传统的批量测序相比，单细胞测序数据更加稀疏，导致细胞中有许多基因无法测量。另一个区别是单细胞数据的样本量通常比批量测序数据的样本量大得多，这使得研究者可以在研究中使用大样本量的深度学习方法。此外，单细胞测序数据的QC (质量控制) 不同于批量测序，会出现很多新问题。例如，单细胞测序中具有同一条形码的液滴可能包含多个细胞，这会导致处理数据的方法较批量测序会有所不同。为了应对单细胞测序数据分析中的这些挑战，该领域的知名科学家将在本次网络研讨会中展示用于单细胞测序数据分析的新型生物信息学方法。

 

由Life期刊举办的线上研讨会“单细胞测序数据分析的生物信息学方法 (Bioinformatics Methods for Single Cell Sequencing Data Analysis)” 将于2022年2月9日北京时间上午8:00在线上召开。本次研讨会由中国科学院上海营养与健康研究所黄涛教授主持，并邀请董潇教授、徐云刚教授和任仙文教授一起探讨单细胞测序数据分析问题。欢迎从事单细胞测序等相关领域研究的研究人员及学者积极参与交流。

线上研讨会信息

 

会议主题：单细胞测序数据分析的生物信息学方法。

 

会议时间：2022年2月9日 8:00am—10:00am (北京时间)

 

Zoom直播平台ID：876 5518 8329

 

会议详情及注册链接：https://life-1.sciforum.net

 

线上研讨会议程

 

8:00–8:10  黄涛 教授

开场致辞

 

8:10–8:30  董潇 教授

主题：Discovering Somatic Mutations in Single Cells during Aging.

 

8:30–8:50  徐云刚 教授

主题：Generative Adversarial Networks for Single-Cell RNA-Seq Imputation.

 

8:50–9:10  任仙文 教授

主题：Spatial Reconstruction of Single-Cell RNA-Seq Data: A de novo Approach.

 

9:10–9:30  黄涛 教授

主题：Cell Marker Identification with Machine Learning Methods.

 

9:30–9:50

问答环节

 

9:50–10:00

闭幕致辞

 

线上研讨会主讲人信息

 

会议主席：黄涛 教授

中国科学院上海营养与健康研究所

黄涛教授是中国科学院上海营养与健康研究所青年研究员。他在美国纽约西奈山伊坎医学院遗传学和基因组学系完成博士后研究。研究兴趣包括生物信息学、计算生物学、系统遗传学和大数据研究。已发表文章200多篇，著作被引用约10357次，h指数48。主编《计算系统生物学：方法与规范》和《精准医学》分子生物学系列丛书。此外，黄涛教授担任过30多个期刊的编委或客座编辑，和170多个期刊的审稿人。他是中国高被引研究员 (2020年) 和世界排名前2%的科学家 (2020年、2021年)。

 

特邀嘉宾：董潇 教授

美国明尼苏达大学

董潇教授于2013年在中国科学院上海生命科学研究院获得生物信息学博士学位。2021年在阿尔伯特爱因斯坦医学院遗传学系完成博士后培训。随后，他在明尼苏达大学衰老生物学研究所 (iBAM) 的遗传学、细胞生物学和发育部门 (GCD) 建立了自己的实验室，实验室的研究方向是探索人类衰老的因果机制。目前，该实验室专注于测试衰老的突变理论：正常体细胞中DNA突变的积累，是否与年龄有关的功能衰退机制相关。该实验室致力于开发和应用最先进的单细胞多组学技术和机器学习算法来解决这个问题。

 

特邀嘉宾：徐云刚 教授

西安交通大学

徐云刚教授，博士毕业于哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院。先后在美国维克森林大学医学院、德克萨斯大学休斯顿健康科学中心、以及宾夕法尼亚州立大学和费城儿童医院 (Children’s Hospital of Philadelphia) 任职博士后研究员和研究助理教授。他的研究兴趣包括生物信息学、机器学习、表观遗传学和转录调控以及单细胞组学。已在多部国际期刊发表论文20余篇。他致力于将基因组、表观遗传组和转录组“大数据”转化为科学见解和临床知识；曾获省级和厅级科学技术奖各1项；主持国家自然科学基金面上项目1项、西安交通大学“青年拔尖人才支持计划”1项；作为核心成员参与国家自然科学基金项目4项、NIH项目4项；担任多个国际期刊编辑，是多个国际会议的委员会成员。

 

特邀嘉宾：任仙文 教授

昌平实验室

任仙文教授2004年毕业于南开大学，获得生物学和数学双学士学位；2010年毕业于中国科学院数学与系统科学研究院，获运筹学与控制论博士学位。后加入中国医学科学院病原生物学研究所，任助理、副教授，专注于开发基于宏基因组测序准确有效诊断病毒感染的算法。2016年加入北京大学BIOPIC，专注于开发数学模型和算法，利用scRNA-seq数据解答肿瘤免疫学问题。他的研究兴趣集中在开发有效的数学模型和算法，以解决基于组学数据的生物医学问题；在多个国内外期刊发表论文60余篇，相关研究成果先后获教育部科技进步一等奖、北京市自然科学一等奖，2020年获国家自然科学基金委员会优秀青年项目支持。

 

会议相关特刊推荐

 

Bioinformatics Methods for Single Cell Sequencing Data Analysis

Edited by Yudong Cai and Tao Huang.

Submissions Deadline：15 June 2022

https://www.mdpi.com/journal/life/special_issues/single_cell_sequencing

本特刊“单细胞测序数据分析的生物信息学方法”旨在收集单细胞测序各个方面的高质量研究文章和评论文章。欢迎投稿。

 

Life期刊介绍

 

期刊主要关注生命科学主题相关的最新研究成果。领域涵盖天体生物学、生命起源、蛋白质和蛋白质组学、细胞生物学和组织工程、遗传学和基因组学、合成生物学和系统生物学、微生物学与工程学、植物学、动物学、生理学和病理学等各生命科学领域。目前，期刊已被Science Citation Index Expanded (SCIE)、PubMed、Scopus等数据库收录。

2020 Impact Factor：3.817

Time to First Decision：14.6 Days

Time to Publication：34 Days

 

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